Seedetrakti mikrobiootasse kuuluvad kõik mikroobid – bakterid, seened, ainuraksed,      arhed ja viirused. Mikrobiootast on kõige enam uuritud just baktereid. Erinevatel loomaliikidel on erinev mikroobide kooslus ning see seltskond on omakorda erinev veel individuaalsel tasandil. See tähendab seda, erinevatel koertel on  soolestikus mõnevõrra erinev bakterite kooslus. Mikrobioota areng algab kutsikaeas ning seedetrakti bakteriaalne kooslus on suuresti mõjutatud keskkonnast, toidust ja eluajal tarbitud toidulisanditest ja ravimitest.

Sooles elavatel bakteritel on mitmeid ülesandeid ja nad toetavad oma elutegevusega organismi normaalset funktsioneerimist.

*Seedetraktis elavad bakterid toodavad organismile vajalikke vitamiine. Soolebakterid sünteesivad koera organismile vajaliku koguse K-vitamiini. K-vitamiin on tähtis vitamiin, kuna osaleb verehüübimises. Ka teatud B-grupi vitamiinide sünteesimise eest vastutavad käärsooles elavad bakterid ning igasugune bakterimassi vähenemine käärsooles võib tuua kaasa B-vitamiini puuduse.

*Käärsooles tegutsevad bakterid toodavad kiudainete kääritamisel lühikese ahelaga rasvhappeid. Lühikese ahelaga rasvhapped on oluliseks energiaallikaks sooleepiteeli rakkudele ning nad mõjutavad ka soolesisu liikumist.

*Tasakaalus ja normaalne soole mikrobioota kaitseb organismi kahjulike bakterite eest.

*Organismi vastupanuvõime erinevate haigustekitajate suhtes on suuresti mõjutatud soolestiku ökosüsteemist. Pidev suhtlus soolebakterite ja organismi teiste keharakkude vahel turgutab ja „harib“ immuunsüsteemi.

Mis mõjutab soolestiku mikrobioota tervist?

Üks suuremaid mikrobioota mõjutajaid on antibiootikumide kasutamine. Antibiootikumid ei toimi ainuüksi kahjulikesse bakteritesse haiguskoldes, vaid toimivad ka kasulikesse mikroorganismidesse. Seetõttu peaks igasugune suukaudne või süstitav antibiootikumi kasutamine olema asjakohane ja loomaarsti poolt määratud. Bakterite kooslust mõjutavad ka lühi-ja pikaajalised seedehäired, aga ka stress. Kurnavate seedehäirete korral või pärast igasugust antibiootikumikuuri on mõistlik pakkuda oma lemmikule pro-ja prebiootikume. Prebiootikumid on oma olemuselt peamiselt kiudained, mis soodustavad kasulike bakterite kasvu ja arengut, pakkudes neile kodu ja toitu. Probiootikumid on elusad mikroorganismid, mis konkureerivad sooles kahjulike bakteritega, takistades nende kinnitumist sooleseintele ja tootes antimikroobseid ühendeid, mis takistavad „halbade“ bakterite elutegevust. Lisaks stimuleerivad probiootikumid erinevate mehhanismide kaudu soolestiku immuunsüsteemi. Probiootikumide alla kuuluvad näiteks piimhappebakterid (Lactobacillus, Bifidobacterium) ja enterokokid (Enterococcus).

Kuidas hoida soolestiku mikrobiootat tasakaalus ja tervena?

Täiskasvanud koera mikrobiootat mõjutab peamiselt toit ja toidulisandid (lisaks ka ravimid). Mida rikkalikum on koera sooles elavate bakterite kooslus, seda tervem on tema seedesüsteem. Bakterite koosluse peamiseks mõjutajaks on toit. Toidu toitaineline koostis mõjutab ka erinevate bakterite osakaalu sooles. Näiteks kui sööta koerale valgurohket toitu, siis domineerivad tema soolestikus hoopis teistsugused bakterid, kui süsivesikurikka toidu söötmisel. Mida mitmekesisem on lemmiku menüü, seda rikkalikum on ka tema soolestikus elavate bakterite kooslus. Koera seisukohast ei ole muidugi mõistlik hakata tema menüüd igapäevaselt ja äkiliselt muutma, sest nii seedeensüümid kui ka soolemikrofloora vajavad iga uue toiduga harjumiseks aega. Igasugune äkiline toiduvahetus võib tuua kaasa seedevaevuseid ja kõhulahtisust. Küll aga võiks koerale pakkuda lisaks tavapärasele toidule aeg-ajalt muna, kodujuustu, maitsestamata lihakraami, kala, köögi-ja puuvilju ning erinevat tüüpi koeramaiuseid. Kõike nimetatut muidugi tasa ja targu, et soole bakterite kooslus mitmekesistuks rahulikus tempos ja ilma seedehäireid tekitamata.